Üst idrar yolu kanserlerinin prognozu, kanserin evresine ve tedaviye verilen yanıta göre değişir. Erken evrelerde yakalanan kanserlerin tedavi edilme oranı daha yüksektir. İleri evre kanserlerde tedavi daha zor olabilir, ancak immünoterapiler ve hedefe yönelik tedaviler gibi yeni tedavi seçenekleri, tedavi şansını artırmaktadır. Erken teşhis, tedavi başarısını büyük ölçüde etkileyebilir.